Fakultas Sains dan Teknologi di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo memiliki sejarah yang kaya dan berkembang seiring dengan perubahan kebutuhan pendidikan dan perkembangan teknologi di daerah Sidoarjo. Fakultas ini memiliki akar yang bermula dari Sekolah Tinggi Ilmu Teknik (STIT) Muhammadiyah Sidoarjo yang didirikan pada tahun 1984 sebagai respons terhadap tuntutan zaman yang semakin kompleks dan keberadaan Sidoarjo sebagai kota berbasis teknologi.
Pada tahun 1994, Fakultas Teknik di STIT Muhammadiyah Sidoarjo mengukuhkan eksistensinya dengan disahkannya Program Studi berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 089/D/O/1994. Seiring dengan perkembangan dan perubahan dalam dunia pendidikan tinggi, STIT Muhammadiyah Sidoarjo kemudian melebur dibawah naungan Badan Penyelenggara Pendidikan Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo (BPPTMS) dan menjadi Universitas Muhammadiyah Sidoarjo pada tahun 2000, berdasarkan Surat Keputusan MENDIKNAS No. 241/D/0/2000
Fakultas Teknik di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo terus berkembang, mencakup 4 program studi : Teknik Mesin, Informatika, Teknik Elektro, dan Teknik Industri. Pada tahun 2019 berdasarkan Surat Keputusan Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, fakultas teknik digabung dengan Fakultas Pertanian, yang memiliki program studi Agroteknologi dan Teknologi Hasil Pertanian, menjadi satu entitas yang lebih besar di bawah nama Fakultas Sains dan Teknologi.
Sebagai hasil dari penggabungan ini, Fakultas Sains dan Teknologi di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo menjadi sebuah wadah yang komprehensif untuk pembelajaran dan penelitian di berbagai bidang sains dan teknologi. Selain program studi yang sudah ada, seperti Informatika, Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Industri, Agroteknologi, dan Teknologi Hasil Pertanian, fakultas ini juga membuka Prodi Teknik Sipil pada tahun 2021.
Fakultas Sains dan Teknologi menjadi pusat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, mendorong mahasiswa untuk memperoleh pengetahuan dan keterampilan yang relevan dengan tuntutan zaman. Dengan sejarah yang panjang dan komitmen untuk mengikuti perkembangan terbaru dalam dunia sains dan teknologi, fakultas ini terus menjadi salah satu pilihan terdepan bagi para calon mahasiswa yang ingin menggali potensi mereka di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi di Sidoarjo.